设立独立的规制机构是美国食品安全规制的一大特色。独立规制机构作为一种新型的行政机关集立法、行政与司法三权于一体，独立于国会、总统和法院之外，但又必须对总统、国会及司法机构负责。食品安全规制机构首先要受到成文法和宪法的控制。宪法规定总统有责任保证法律的切实实施，总统任命高级行政长官，总统的法规管理和预算办公室很了解重要的法规。公众向 FDA 施加压力的渠道主要是通过议会的监督。美国的食品行政部门有责任对国会进行解释，国会制定食品安全规制机构的经费预算，委员会经常举行工作失误听证会。法院一般授予 FDA 相当大的自由裁决权，但 FDA 的决策依然要受到法院的挑战，司法机构会审查食品安全规制部门执行联邦法律与法规的情况。虽然和行政程序制度相比，司法审查比较古老，但它和行政程序一样是美国依法行政最重要的机制。美国的司法审查是根据国会授权的立法严格进行的，既包括普通法院对行政机关的行为是否符合宪法和法律的审查，也包括普通法院对国会制定的法律是否符合宪法的审查。也即是说，美国的受案范围不但包括裁决（具体行政行为），也包括规章（抽象行政行为）。之所以如此是考虑到行政机关都有扩大自己权力的倾向，仅有政治制衡是不够的。司法审查的关键作用在于抑制这种倾向，并令行政当局真正负起责任。
