长期以来，我国工业发展水平落后，与国际先进水平差距较大，短时期内难以扭转技术与经营管理的劣势，而学习先进的技术与经营管理经验需要一个长期的过程；随着经济的发展，工人薪金也相应上升，农村劳动力资源出现短缺，刘易斯拐点临近；同时由于国际资本不择手段对我国经济上的榨取，凡是我国短缺的资源能源经常发生大规模的价格上涨，如近年来铁矿石的大规模涨价，就是国际资本控制下的垄断行为，这些都导致了加工贸易企业成本的大幅度上升。其次，金融危机之后，国际市场疲软，消费萎缩，美欧等国进一步减少对中国产品的需求，对于严重依赖国际市场的中国加工贸易来说，无疑是雪上加霜。同时危机致使贸易保护主义抬头，订单进一步减少，中国将遭遇更频繁的贸易壁垒。
从国家政策层面来说，随着经济形势的变化，有些政策已经暴露出了不能适应加工贸易发展的状况，一些政策法规（如税收政策 、知识产权保护制度以及地方政府引资政策等）制定实施中的不完备现象和相关职能部门执行力度不够等因素也在一定程度上影响或抑制了知识扩散与加工贸易升级。近几年来国家政策的频繁调整、人民币升值、劳动合同法的实施等各种因素，给加工贸易企业带来了额外的成本。此外，国内市场诚信体系不完善、监管模式不适应企业发展需要等因素，也给企业转型升级造成无法预计的额外负担。
（二）主观原因
有些地方政府和企业只注意于目前的利益，未能考虑长远将来，比如当外资转移之后，是否会形成当地产业的空心化，如何填充外资转移后的空白；有的国内加工企业也只顾赚取目前的低级加工利润，而不注意技术研发和产品的升级换代。还有的地方政府为了政绩 将国外的污染严重的高耗能的企业引进技术园区，不惜以环境与高耗能为代价来获得暂时的gdp数据。这些都导致了加工贸易中的诸种问题。
加工贸易企业在转型升级的过程中，亦面临诸多问题。不仅要面对资金、人才、技术、市场、品牌等生产要素重组配置的重重压力，还要付出较为昂贵的制度内的税费成本以及制度外的隐性成本等转型成本；其次，转型升级后，从产品设计、生产、市场开拓到品牌营销都要由加工贸易企业自己完成，特别是市场开拓和品牌营销，是摆在企业面前最大的难题，尤其是企业的高端人才较为紧缺并且其流动性较高，这些都非一朝一夕之功。
四、加工贸易可持续发展的重要性
以上加工贸易存在的诸多问题，使我国的经济发展在某种程度上经常处于不合理与紧张状态。一旦外资遇到成本更低的国家地区，撤走资本，本土经济将产生严重的断裂。一些曾经靠加工贸易获得短暂繁荣的国家和地区在外资撤走之后迅速陷入了衰退，这是我们的前车之鉴。加强加工贸易的可持续发展，尽量使国外公司先进的生产设备、管理理念，销售策略，企业文化等等影响本土企业与员工，使人才成长与理念的更新前后接续，不断为我国经济的自主发展培养力量，有利于“以人为本”的自主创新体系的建设。我国现在正处于产业结构优化调整的重要阶段，逐步淘汰落后产能与产业，引进清洁的节能产业，这是一个循序渐进的过程，不能一蹴而就，只有保持经济的稳定发展，产业结构的调整才能以较小的代价完成。加强政策引导，使优秀先进的产业尽快引入。
五、加工贸易可持续发展的对策
目前，我国的出口导向型外贸战略面临着人民币升值，刘易斯拐点临近、进口原材料涨价等方面的挑战，同时，我国的外贸发展战略也在发生改变，由单纯的两头在外型向加强自主创新、创立自主品牌方向发展。如何应对这些新的形式与挑战是我们需要重点关心的问题。
（一）以人为本，确定以企业为主体的创新战略
人的问题是最根本的问题。而从人力资本的积累和发展来看，在一个较长时期里，发展中国家缺少为众多的高级专门人才提供发挥其才干的舞台以及必要的条件和环境。要为这一部分人力资本创造一个良好的环境，促使其加速积累和发展。
企业方面，要注重创新人才的培养，完善人才激励机制。我国经济水平相对落后，加工贸易只能侧重于向技术密集型转化。走“企业自主创新与引进消化相结合”之路，要重视创新型人才在研发和经营管理中的作用，加大对技术创新和高新技术开发、研制等知识产业部门的资金投入。建立和完善科研激励机制，对于作出突出贡献度科研人员要大力嘉奖。另一方面，技术水平在加工贸易的主体升级过程中起着关键的作用，要注意将加工贸易的创新和研发体系建设结合起来，注重科技成果向生产的转化。我国科研机构过多游离于企业之外，应用开发、设计、技术服务力量薄弱，因此要继续推动、深化科研体制改革，开发研制出适销对路的产品。在具体研发体系上可以借鉴美国三位一体的研发体系，鼓励国家的科研部门、大学实验室与企业之间的联系，有利于将科研成果转化为实际生产力。重视和加强对技术工人的培养，承接外资高端加工贸易产业转移，从而提高加工贸易对整个经济的带动作用。
（二）提升加工贸易产业结构，走新型工业化道路
随着人民币的升值、劳动力成本的上升与原材料价格的上涨，都逼迫着加工企业必须采取措施，改变旧有的生产模式，向高级的加工贸易阶段转变。纵观凭借加工贸易发展起来的日本、韩国、新加坡等国，莫不如此。对于在我国布局的跨国公司而言，无论是高端产业还是传统产业，研发、设计、营销、服务等环节在产业链上蕴涵的附加值最大，因此，积极发展高新技术产业的出口加工，延伸国内价值链，提升企业生产网络地位，推进我国加工贸易产业结构升级推进加工贸易产业结构升级是促进我国加工贸易可持续发展的重中之重。
向“微笑曲线”两端延展，发展上游的零部件配套产业和延伸下游服务价值链，发展相关的国内配套产业。首先，要求加工贸易企业不断向上游简单零部件、复杂零部件的设计开发生产活动发展，发展关键零部件、设备、模具及软件制造等配套加工产业，鼓励加工贸易企业与当地上下游企业进行配套合作，按照国际市场上对产品的品质要求和生产管理规范，推动当地企业提高技术水平、加强生产经营管理，从而形成加工贸易企业产业集群，将进口与国内采购并重；其次，要加强加工贸易产品在流通环节的管理，发展配套的物流、转运、配送、仓储等产业，构建和控制好销售渠道，甚至到境外去开拓销售渠道。绝大多数产品的离岸价与最终到达消费者手中的零售价都存在很大的价格差，说明在服务环节产生价值增值，向上下游服务增值链延伸则是推进加工贸易转型升级的必然选择；第三，重视企业技术与自有品牌的创新。要迅速学习外企的品牌经营管理经验，结合中国国情，打出自己的名牌。也可以进行规则与标准，或模式与制度的创新。而该过程除了企业自身之外，在客观上需要外在的政策与制度相配合，以创新制度环境，提升内资企业的市场地位，加强国有与民营企业在出口加工制造业中的主导权，改善出口贸易的外资企业依赖现象，使国内企业升级到复杂的知识、技术密集型环节，和拥有自主技术和品牌的产品出口贸易转型；第四，由于近年来国际服务业转移成为新一轮全球产业结构调整和布局的新趋势，一些跨国公司开始将它们的高收入、高附加值服务性工作通过外包方式转移到海外去，因此，加工企业应及时抓住国际服务业转移的契机，主动承接跨国公司服务外包业务，力开展服务业加工贸易，促进中国产业结构和贸易结构不断升级。第五，给予企业(尤其是中小企业)贷款优惠，促进企业创新。加大加工贸易企业的吸收能力，通过制定优惠政策,如税收优惠,吸引和鼓励跨国公司在本地设立研发和营销中心；加强本地配套企业与跨国公司合作,充分利用跨国公司的技术力量提高配套企业的技术水平。
（三）积极促进节能减排，增强可持续发展能力
由于技术水平落后，我国资源利用效率一直较低，2007年我国GDP的能耗是7.96吨标准油/万美元，而日本仅为0.99吨标准油／万美元。 我国单位GDP的能耗是日本的8倍，能源需求和供给之间的矛盾日益突出。要实现我国经济的可持续发展，必须促进经济发展方式由粗放型向集约型、资源消费型向能源节约型的转变。经过努力，2010年部分部门能耗略有下降，如2010年上半年，单位GDP能耗同比上升0.09%，与上年同期基本持平。规模以上工业单位增加值能耗同比降低了1.25%。从主要耗能行业单位增加值能耗看，煤炭行业下降2.69%，钢铁行业下降1.64%，建材行业下降7.61%，化工行业下降4.28%，纺织行业下降2.42%，石油石化行业上升11.35%，有色行业上升8.11%，电力行业上升4.19%。 而在2011年，全国万元国内生产总值(GDP)能耗下降4.01%。 ，由此可见，提高加工企业的技术含量，减少能源耗费，是可以逐步实现的，同时注意发展低碳经济，培育发展核能、太阳能灯新能源产业，既能提高能源的利用效率、降低经济的碳强度，又有利于产业结构的优化升级。
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