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我国政府用于的农业支出主要是“绿箱”支出。2000年向世贸组织提供的农业国内支持表，是以1996—1998年为基期的，三年平均“绿箱”总支出为1376亿元，其中一般服务支出为785.6亿元，是最大的一项，占“绿箱”支出的52%，；粮食安全储备支出383.78亿元；国内食物援助支出18.84亿元；自然灾害支出44.29亿元；环境计划支出53.45亿元；地区援助（扶贫）支出90亿元2。近年来，以增产为主要目标的农业支出结构还没有根本性变化。目前11项“绿箱”支持措施中还有5项没有使用。
“黄箱”措施是对生产和自由贸易有较大影响的补贴， WTO农业协议6.4条款规定，允许发达国家、发展中国家政府对农业的“黄箱”补贴占农业总产值分别为5%、10%以内。对超过标准的“黄箱”支持要削减。中国入世谈判结果为“黄箱”补贴占农业总产值的8.5%，比其他发展中国家少1.5个百分点。作为特例，在这8.5%中还包含了其他发展中国家不用计入“黄箱”的6.2条款的支出，即发展中国家农业的投资补贴、农业生产要素补贴和生产麻醉品转产补贴。中国对农业的 “黄箱” 补贴主要包括两部分：一是价格支持措施，即粮棉保护价收购。二是农业生产资料补贴。从目前的补贴水平分析： 2004、2005年我国农业产值（不计渔业产值）分别为32633.4亿元、35450.8亿元，“黄箱”补贴规模按谈判标准应为2773.84亿元、3013.32亿元，而实际上两年的粮棉油价格补贴分别为660.41亿元、577.91亿元（资料来源：《中国统计年鉴2006》表8—9），良种与农资补贴分别为32.8亿元、46亿元；两项合计分别为693.21亿元、623.91亿元。与谈判标准相比尚有很大的支持空间。
WTO规则认定“黄箱”措施对生产和自由贸易有较大的扭曲作用，但对各个国家来说，“黄箱”措施对本国农业有较大的保护作用，对提高本国农产品竞争力有直接作用。因此，各国都很重视“黄箱”补贴，2005年欧盟“黄箱”支出达360亿欧元、日本达271亿美元、美国为191亿美元3，而我国仅为77亿美元。
WTO农业协议6.5条款规定，对一些与限制生产计划相关的“黄箱”补贴可以不计入综合支持量中，不进行削减。这些不需要削减的“黄箱”补贴被称为“蓝箱”措施。包括：①按固定面积或产量提供的补贴；②根据基期生产水平85%以下提供的补贴；③按牲畜的固定头数提供的补贴。这实际上是对欧美等发达国家农业“黄箱”补贴的特殊优惠政策；但我国还没有实施。
（三）我国农业补贴存在的问题
1．农业支持和保护不断增大，但相对不足。按WTO农业协议的口径统计， 2001—2005年我国农业支持总量占当年农业生产总值（不计水产值）的比例分别为：6.235％、6.473％、6.607％、7.163％、6.915％（据《中国统计年鉴2006》表8—6、13—6）；而发达国家约为30—50％，发展中国家约为10—20％。
2．农业补贴结构不合理
（1）“绿箱”、“黄箱”措施配置不合理。1996—1998年，中国“绿箱”、“黄箱”支出合计约为200亿美元，相当于农业总值的8.1%，其中，“绿箱”支出占83%，“黄箱”补贴占17%。从总量水平看，中国农业国内支持的空间还比较大，但目前WTO规则所允许的11类“绿箱”措施中只用了6类。“黄箱”措施空间尽管也比较大，但国家财政用于流通领域的补贴比重高。2003年，仅用于粮棉油的价格补贴就占当年农业财政支出的30.1%1。
（2）我国农业支出以间接支持为主，对农民的直接补贴少。如2004、2005年我国种粮直补等三项惠农补贴分别为148.8亿元、178亿元，而同期的粮棉油价格补贴则分别为660.41亿元、577.91亿元（资料来源：《中国统计年鉴2006》表8—9）。
（3）支出结构不能适应国内外农业发展的新形势。中国农产品长期短缺，因此农业补贴的主要目的是促进农业增产。自1998年以来，尽管农业基础设施等投入比重有所增加，但以增产为主要目标的农业支出结构还没有根本性变化。以2005年为例，促进农业生产的支农支出为1792.40亿元，占73.15%；农业科技三项费用仅为19.90亿元。而支农支出中有60—90％用于人员供养及行政开支，用于建设性的支出比重不高；在财政农业建设资金中，用于大型水利建设比重高，农民可直接收益的小型基础设施比重较小。这种支出结构不能适应今后发展优质高效农业、增加农民收入的需要。
3．农业补贴的分类和范围不合WTO规则。中国农业补贴的分类和范围与WTO规则都有较大差别。中国现有农业支出是按支持对象和支出功能分类的，农业财政支出主要是指支援农业生产、农业综合开发、农业事业费、农业基本建设等支出，范围比较小，不能体现国民待遇原则。WTO是按对农产品自由贸易和生产的影响程度分类的，如“绿箱”、“黄箱”措施等；其农业国内支持的范围更广泛、更全面，不仅包括各种直接的农业财政支出，还包括了农产品流通，农村基础设施建设如道路、通讯、供电等投入，国内粮食援助，地区援助，农村环境保护等补贴。
4．财政支农资金管理分散，资金使用效果不理想。一是支农资金实行分块管理，部门分割严重，有限的资金不能形成合力。二是支农资金使用监督机制落后，资金使用效果差。政府投资的农业项目实行按投资额度确定权限，审批手续繁杂，程序较多。因而使“奥肯漏桶效应”2增大、效率损失增加。
5．农业补贴的法律不健全。近几年中国农业立法加快，包括《中华人民共和国农业法》在内的10多部法律基本覆盖了农林水气等领域，但是有关农业补贴的法律法规尚未制定，只是体现在政府的相关文件中，缺乏前瞻性、稳定性和可操作性，难以保障农业补贴的实施与到位。
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