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造成这些问题的原因主要在于，首先，我国加工贸易的产品结构较低，以“量”取胜，忽视对“质”的提高。由于，长期处于劳动密集型加工贸易的比较优势下，大批企业习惯于以利薄、量大的出口方式获得利润。虽然在加工贸易发展初期，这种方式能以较低的成本迅速获取利润，然而由于进入门槛较低很多企业一哄而上，导致低端产品充斥市场，竞相压价，贸易条件恶化，甚至为降低成本不惜生产假冒伪劣产品。其次，加工贸易部门吸引大量资源，因而减少了其他部门的投入。尤其是对研发、技术创新等方面的投入远远不足，影响了产业升级。再次，国有企业垄断部分行业，吸收优质资源，挤压民企。破坏市场经济秩序，形成官僚经济，更加缺乏发展创新的原动力，极大阻碍了产业结构调整。
（二）污染环境，浪费资源
加工贸易的大力发展也使中国付出了高昂的环境成本，造成了严重的环境污染。近年来，环境污染事件层出不穷，不但给人民群众的健康带来严重影响，还导致了湖泊面积减小，水资源污染，地面沉降，沙城暴等，灾害现象愈发严重。因为我国的环境偏好低，相比发达国家严苛的环境政策和治理三废排放所需的高昂成本，我国的环境政策和标准相对宽松，执法不严，地方政府普遍追求提高GDP，外商投资额等政绩，忽视对环境和能耗的影响。而且，外资企业倾向于选择将资源消耗高、环境污染重等具有外部负效应的产业转移至我国，在获得廉价资源和劳动力的同时，也获得了环境标准低的优势，使其产品获得更加明显的价格优势。1999年我国外商投资企业中，污染密集型企业占总数的30%左右，在污染密集型企业中，严重污染密集型企业占40%。外商通过加工贸易还向中国输出洋垃圾。一些外商将母国淘汰的、严重污染环境的、禁止使用的产品、有害技术、工艺、设备甚至废物等洋垃圾，通过贸易与投资转移到我国继续使用，一些外商以次充好、以旧顶新，结果严重影响到了进口地的空气、水源等生态环境。
一边是环境污染，另一边是高能耗，资源浪费。由于长期粗放型的发展方式是建立在大量消耗原材料、能源以及环境恶化基础上的，表面上推动了加工贸易的高速增长，实际上单位效益很低，是一种资源浪费。2011年，中国的能源消费量占全球的20.3%，超过了美国19%的比重，成为世界上最大的能源消费国。我国工业产品的单位能耗比高于国际水平，高能耗企业数量不断增加。我国资源匮乏，人口众多，高耗能，高污染行业大大影响了我国经济可持续发展的能力。
（三）区域布局不合理
我国加工贸易的活动的主要参与者是东部沿海城市和地区，其占加工贸易的比重远远超过中西部地区。加工贸易在沿海和内地之间还没有形成一种有效的传递和转移机制，资金，资源，人才等要素被东部沿海地区吸收，而高耗能，高污染产业开始向内地转移，给中西部地区经济发展造成了不良影响。进一步扩大了中西部贫富差距和区域经济发展水平不平衡。这主要是由于中西部地区的地理位置和投资环境所限制的。首先，我国加工贸易的进口主要来自日本、中国台湾、东盟各国和韩国，出口主要市场是美国、欧盟各国、日本及中国香港等。而中西部地区离进出口中心较远，因此运输成本较沿海地区高。其次，我国加工贸易的主体是外商投资企业，而我国中西部地区无论从投资硬环境，还是软环境来讲都和东部沿海有很大差距，从而导致对外商投资的吸引力较弱。
（四）境外加工发展不足
近年来，国际上贸易保护主义日益盛行，我国已成为WTO成立以来遭受反倾销指控最多的国家。由于加工贸易两头在外的特点，特别是将主要市场放在国外，使得加工贸易的产品，对国外市场的依赖程度更高。发展境外加工贸易可以通过在其他国家设厂来完成某些产品的部分生产环节，能够避免使这些产品遭受到来自其他国家针对我国制造的产品所进行的反倾销指控，避免此类问题。尽管我国境外加工贸易发展较快，2002年境外加工贸易占对外总投资的12%，增加到2010年的近50%，主要集中在轻工、机械、建材、电子、纺织服装等行业，但境外加工仍旧发展不足，大笔投资失败的情况有所增加，甚至当地工人罢工，抗议等事件也时有发生。
究其原因，首先是企业对境外加工贸易认识不足，对开展境外加工贸易方式不十分清楚。其次，国家的相关政策尚未配套，以金融服务业为例，我国银行为境外加工贸易企业服务的体系没有建立起来，在信贷、保险等方面发挥的作用不大。而国家现行政策又使得企业难以同国外银行合作。我国企业在境外开展加工贸易的过程中，遇有流动资金短缺的境况时，却难得到国内商业银行和国家进出口银行的信贷支持。此外，信息反馈机制不健全，有些企业对国外投资地的有关法律、政策和投资环境，工会组织法规不了解，以至于造成盲目投资，甚至产生劳务纠纷不断，造成投资损失。
四. 加工贸易可持续发展的对策
加工贸易的发展对我国国民经济和工业化进程起到了拉动作用，随着加工贸易在国民经济中地位的不断上升，其负面作用也随之而来，环境污染、发展不平衡和外贸依赖性大等诸多不利因素使得加工贸易面临严峻考验。因此，制定新的加工贸易政策，推动加工贸易的转型升级，改变“大进大出”的格局，使加工贸易在我国“落地生根”显得尤为紧迫和重要。所谓他山之石可以攻玉，许多发达国家和地区的发展同样经历了这个发展阶段，他们解决这些问题的经验非常值得我们借鉴。
（一）正确定位加工贸易，以人为本，企业为主的创新；提升加工贸易产业结构，加强产品研发和品牌建设
加工贸易转型升级，其本质是产业由低技术水平向高技术、高附加值产业升级的过程。在此过程中，通过与跨国公司合作创新，通过技术引进、消化吸收，提高企业自主创新能力，实现价值链向微笑曲线的两端延伸，最终达到全球价值链的高端。以台湾地区为例，上世纪60年代开始承接国际产业转移，进入高速发展以劳动密集型为主的加工贸易。到80年代，面对东南亚国家的强大压力，及时调整加工贸易发展战略，从劳动密集型向技术密集型转型升级。再到当今知识服务型为主的发展模式，走出了一条低成本、高科技、高附加值的可持续发展之路。
1.走“企业自主创新与引进消化相结合”之路
（1）加快产业链转型升级，注意优化引进项目结构层次
台湾地区从上世纪80年代开始，进入第一次转型阶段，由于东南亚各国的兴起，台湾地区劳动力优势逐渐减弱。在这种情况下，台湾当局颁布《促进产业升级条例》，鼓励加工贸易企业采用自动化的生产技术实现升级，利用税收优惠等政策吸引高科技产业进入出口加工区，使得加工贸易向资本密集型与技术密集型产业发展，逐渐淘汰低附加值的劳动密集型产业，代之以IC加工产业、光学产业、电脑和其他精密机械等产业。
目前，中国的产业结构、区域结构和企业结构上都存在着不平衡。仍然以劳动密集型为主，尽管机电产品的加工贸易比例有所增加，但核心部件的生产加工能力较弱，主要以简单加工装配为主。政府应出台相关政策，进一步加快产业结构转型，吸引高科技、高附加值的产业进入加工贸易领域。引资方面，在一系列鼓励利用外资政策的激励下，中国利用外资取得了长足的发展，也带来了很多问题。为此，中国利用外资正在致力于从“量”到“质”的根本转变、从追求数量与规模到讲求质量与结构优化的重要转变，使利用外资的重点从弥补资金、外汇不足切实转到引进先进技术、管理经验和高素质人才上来，更加注重生态建设、环境保护、资源能源节约与综合利用。注重引进项目的结构层次，避免盲目引进重复建设质量不高的项目。从产业结构上，加大农业、服务业的引资力度，严格控制高污染，高耗能等制造业项目。在投资方式上，加强合资企业的建立，减少外商独资企业的比重。出台政策法规，进一步规范外资在华行为，促进加工贸易的转型升级。
（2）政府鼓励企业自主创新
20世纪90年代中期，台湾地区进入第二次转型时期，经过发展方式的转变一些企业拥有了较高的技术水平，依靠为国际知名厂商做OEM生产，在主机板、IC设计加工等技术含量高的产业积累核心技术，并通过自主创新，开始从OEM向ODM或OBM转型升级。其中，如宏基、明基、华硕等在代工的同时，开展自主设计和研发，最终成为著名的电脑品牌生产商。中国企业目前也处于类似的阶段，越来越多的企业开始为国外品牌代工生产，积累了技术经验，但自主设计能力较薄弱，急需进一步向ODM和OBM方向发展。这就需要政府加大对高新技术企业的培育力度，鼓励企业加大对具有自主知识产权产品的研发并实施产业化，对具有核心技术的发明专利，鼓励企业创品牌、创名牌，实施企业创品牌引导工程，重点培育一批市场前景好、产业带动性强，技术领先的行业小巨人，实行创品牌全过程跟踪服务，努力实现“中国制造”向“中国创造”的转型，并不断提高企业的技术创新能力，为加速企业和行业的科技进步提供技术支撑，整体提升区域支柱产业的技术水平。
2. 注重培养创新人才和产品研发，建立自主品牌战略
20世纪90年代后期，台湾地区加工贸易进入机电、信息、新材料、生物工程、液晶电视等高新技术产业，其中PC产业较著名的华硕和宏基两大企业，从最初的为著名品牌企业代工晶体管、电子管等，升级为笔记本电脑和IC芯片等高新技术产品生产，并形成了全球品牌。在这个产业升级的过程中离不开人力资源的开发和培育。台湾企业人力资源的培育主要通过，1、企业自身的员工培训计划。2、通过企业和高校的技术转移等合作，推动相关产业的人才培养。3、当局通过政策引导吸引优秀人才进入高新技术产业。国际经验证明，一个国家或地区创新能力的提高，主要取决于该地区整体经济的发展水平、贸易开放程度及人力资本水平的高低，特别是创新人才的培养对我国创新能力的增强有着不可替代的作用。培养创新型高素质人才不仅要重视科技人才，也要重视对新型管理人才的培养。建立创新科技园区，人才公寓等基础设施，吸引优秀的创新人才进入企业，安家落户。培养一批懂技术、懂渠道、懂品牌、懂设计、懂生产的专业人才与管理人才。技术创新和新产品研发是一个人力资本和技术长期的积累的过程。因此，营造良好的环境，建立有效的人才机制，长期吸引和坚持不懈的培养优秀人才，才能使创新能力源源不断的产生和可持续发展。
3. 积极推动民资进入高新技术产业，加快国有企业改革
韩国、台湾等国家和地区的发展经验表明，随着产业结构的升级和经济转型，政府在引导经济发展的同时必须减少对经济的主动干预，这有利于发挥中小企业的灵活优势，尤其是民间资本对高新技术的投入往往效率较高。鼓励和扶持一批有技术实力的民营企业发展高新技术。如韩国的三星、LG、台湾的明基等，起初都是从小型的民营电子企业发展而来的。相比我国的一些国有企业可以轻易获得银行的融资，占有优质资源，却在技术创新方面发展缓慢，缺乏效率，造成资源浪费。尤其是一些垄断行业的国企，随着经济的发展暴露出越来越多的问题。而缺乏竞争的行业使技术创新失去成长的土壤。因此，当一国的总体经济水平达到一定程度时，政府必须要及时把市场还给企业，让企业在充满竞争的环境中成长，才能使科技创新成为可能。
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